Desempenho da cultura líquida MGIT após implementação em uma rede de laboratórios públicos do estado de São Paulo / Performance of liquid culture MGIT after implementation in a network of public laboratories of Sao Paulo state

A OMS, em 2007, recomendou a implementação da cultura líquida para o diagnóstico da tuberculose (TB) e teste de sensibilidade para países de baixa e média renda. Neste estudo foi avaliado odesempenho da cultura líquida MGIT em condição de rotina após dois anos de implantação em uma rede de laboratórios públicos. Foi efetuada análise retrospectiva de dados da cultura líquida,realizadas em dez laboratórios regionais do Instituto Adolfo Lutz, de janeiro a março de 2010. Foram incluídas amostras submetidas a baciloscopia, cultura líquida MGIT automatizada ou manual eidentificação presuntiva do complexo Mycobacterium tuberculosis (CMTB). Foram detectadas 1.159 culturas positivas. Destas, 113 (9,7%) contaminaram, e 1.046 foram analisadas, sendo 850 (81,3%) CMTB, 116 (11,1%) micobactérias não tuberculosas e 6 (0,6%) Nocardia sp. A taxa de contaminação foi de 2,2% e o acréscimo da cultura para o diagnóstico da TB foi de 29,9%. A média do tempo de detecção da cultura foi de 14,7 dias (DP+/- 11,7 dias). A acurácia da identificação presuntiva foide 91,3%. A cultura líquida MGIT demonstrou ser excelente alternativa para efetuar diagnóstico da TB e das micobacterioses, em razão da rapidez possibilitando uma intervenção rápida e eficaz no tratamento.

In 2007, WHO recommended the implementation of liquid culture for tuberculosis (TB) diagnosis anddrug-susceptibility test in low and middle-income countries. This study evaluated the performanceof MGIT culture in routine condition after two years of its implementation in a public laboratoriesnetwork. This is a retrospective study, which analyzed the data on the liquid culture performed in ten regional laboratories of the Institute Adolfo Lutz, from January to March 2010. The data included clinical samples submitted to microscopy, automated or manual MGIT culture and presumptive M. tuberculosis complex (MTBC) identification by analyzing the cord formation. Culture waspositive in 1,159 samples. Of these, 113 (9.7%) contaminated, and 1,046 were analyzed, of which 850 (81.3%) were identified as MTBC, 116 (11.1%) as non-tuberculous mycobacteria and 6 (0.6%)as Nocardia sp. Contamination rate was 2.2% and the contribution of culture to the TB diagnosis was 29.9%. The detection mean time was 14.7 days (SD+/-11.7 days). The accuracy of the presumptive identification of MTBC was 91.3%. MGIT liquid culture demonstrated to be an excellent alternative for diagnosing TB and mycobacterioses, because of the rapidity of diagnosis, thus allowing an immediate and effective treatment.

Desempenho da cultura líquida MGIT após implementação em uma rede de laboratórios públicos do estado de São Paulo / Performance of liquid culture MGIT after implementation in a network of public laboratories of Sao Paulo state

A OMS, em 2007, recomendou a implementação da cultura líquida para o diagnóstico da tuberculose (TB) e teste de sensibilidade para países de baixa e média renda. Neste estudo foi avaliado o desempenho da cultura líquida MGIT em condição de rotina após dois anosde implantação em uma rede de laboratórios públicos. Foi efetuada análise retrospectiva de dados da cultura líquida, realizadas em dez laboratórios regionais do Instituto Adolfo Lutz, de janeiro a março de 2010. Foram incluídas amostras submetidas a baciloscopia, cultura líquida MGIT automatizada ou manual e identificação presuntiva do complexo Mycobacterium tuberculosis (CMTB). Foram detectadas 1.159 culturas positivas. Destas, 113 (9,7%) contaminaram, e 1.046 foram analisadas, sendo 850 (81,3%) CMTB, 116 (11,1%) micobactérias não tuberculosas e 6 (0,6%) Nocardia sp A taxa de contaminação foi de 2,2% e o acréscimo da cultura para o diagnóstico da TB foi de 29,9%. A média do tempo de detecção da cultura foi de 14,7 dias (DP+/- 11,7 dias). A acurácia da identificação presuntiva foi de 91,3%. A cultura líquida MGIT demonstrou ser excelente alternativa para efetuar diagnóstico da TB e das micobacterioses, em razão da rapidez possibilitando uma intervenção rápida e eficaz no tratamento.

In 2007, WHO recommended the implementation of liquid culture for tuberculosis (TB) diagnosis and drug-susceptibility test in low and middle-income countries. This study evaluated the performance of MGIT culture in routine condition after two years of its implementation in a public laboratories network.This is a retrospective study, which analyzed the data on the liquid culture performed in ten regional laboratories of the Institute Adolfo Lutz, from January to March 2010. The data included clinical samples submitted to microscopy, automated or manual MGIT culture and presumptive M. tuberculosis complex (MTBC) identification by analyzing the cord formation. Culture was positive in 1,159 samples. Of these, 113 (9.7%) contaminated, and 1,046 were analyzed, of which 850 (81.3%) were identified as MTBC, 116 (11.1%) as non-tuberculous mycobacteria and 6 (0.6%) as Nocardia sp. Contamination rate was 2.2% and the contribution of culture to the TB diagnosis was 29.9%. The detection mean time was 14.7 days (SD+/-11.7 days). The accuracy of the presumptive identification of MTBC was 91.3%. MGIT liquid culture demonstrated to be an excellent alternative for diagnosing TB and mycobacterioses, because of the rapidity of diagnosis, thus allowing an immediate and effective treatment.

Controle de qualidade externo nos laboratórios de tuberculose do estado de São Paulo, Brasil / External quality control of the tuberculosis laboratory network of São Paulo state, Brazil

Os objetivos deste estudo foram de avaliar a qualidade técnica de laboratórios públicos e conveniados ao Sistema Único de Saúde(SUS) que fazem baciloscopia da tuberculose (TB) e de apresentar os dados do Controle de Qualidade Externo (CQE) realizado na rede de laboratórios de TB do estado de São Paulo, Brasil. Neste contexto, foi realizado o estudo descritivo retrospectivo do CQE de 198 laboratórios supervisionados no biênio 2009-2010. A concordância entre os resultados das baciloscopias executadas nos laboratórios supervisionados e de supervisores foi de 99,4 %; e as porcentagens relativas de resultados falso-positivos e falsonegativos foram, respectivamente, de 1,9 % e 0,4 %. A comparação entre a qualidade dos esfregaços realizados por laboratórios públicos e conveniados mostrou que os públicos apresentaram qualidade superior (valor-p<0,05). Este estudo mostrou que 74,2 % dos laboratórios foram aprovados no CQE; e o desempenho dos laboratórios conveniados foi inferior ao dos públicos. Estes dados reforçam a importância de manter programa de CQE de baciloscopia e de capacitação dos profissionais, considerando-se ser este um exame diagnóstico muito utilizado e relevante no país...

Phenotypic and genotypic characterization of Rhodococcus equi isolated from sputum

INTRODUCTION: Rhodococcus equi is an opportunistic pathogen, causing rhodococcosis, a condition that can be confused with tuberculosis. Often, without identifying M. tuberculosis, physicians initiate empiric treatment for tuberculosis. R. equi and M. tuberculosis have different susceptibility to drugs. Identification of R. equi is based on a variety of phenotypic, chromatographic, and genotypic characteristics. OBJECTIVE: This study aimed to characterize bacterial isolates from sputum samples suggestive of R. equi. METHODS: The phenotypic identification included biochemical assays; thin-layer chromatography (TLC) and polymerase chain reaction (PCR) were used for genotypic identification. RESULTS: Among 78 Gram-positive and partially acid-fast bacilli isolated from the sputum of tuberculosis-suspected patients, 51 were phenotypically and genotypically characterized as R. equi based on literature data. Mycolic acid analysis showed that all suspected R. equi had compounds with a retention factor (Rf) between 0.4-0.5. Genotypic characterization indicated the presence of the choE gene 959 bp fragments in 51 isolates CAMP test positive. Twenty-two CAMP test negative isolates were negative for the choE gene. Five isolates presumptively identified as R. equi, CAMP test positive, were choE gene negative, and probably belonged to other bacterial species. CONCLUSIONS: The phenotypic and molecular techniques used constitute a good methodological tool to identify R. equi.

Phenotypic and genotypic characterization of Rhodococcus equi isolated from sputum.

INTRODUCTION: Rhodococcus equi is an opportunistic pathogen, causing rhodococcosis, a condition that can be confused with tuberculosis. Often, without identifying M. tuberculosis, physicians initiate empiric treatment for tuberculosis. R. equi and M. tuberculosis have different susceptibility to drugs. Identification of R. equi is based on a variety of phenotypic, chromatographic, and genotypic characteristics. OBJECTIVE: This study aimed to characterize bacterial isolates from sputum samples suggestive of R. equi. METHODS: The phenotypic identification included biochemical assays; thin-layer chromatography (TLC) and polymerase chain reaction (PCR) were used for genotypic identification. RESULTS: Among 78 Gram-positive and partially acid-fast bacilli isolated from the sputum of tuberculosis-suspected patients, 51 were phenotypically and genotypically characterized as R. equi based on literature data. Mycolic acid analysis showed that all suspected R. equi had compounds with a retention factor (R(f)) between 0.4-0.5. Genotypic characterization indicated the presence of the choE gene 959bp fragments in 51 isolates CAMP test positive. Twenty-two CAMP test negative isolates were negative for the choE gene. Five isolates presumptively identified as R. equi, CAMP test positive, were choE gene negative, and probably belonged to other bacterial species. CONCLUSIONS: The phenotypic and molecular techniques used constitute a good methodological tool to identify R. equi.

Cutaneous cryptococcosis due to Cryptococcus gattii in a patient on chronic corticotherapy.

Cryptococcus gattii causes a form of endemic mycosis that most commonly affects the lungs and central nervous system of immunocompetent patients living in tropical and subtropical areas of the world. Case report. A 66-year-old man who had chronic obstructive pulmonary disease without HIV infection and had been on systemic corticotherapy for several years developed extensive ulceration of the left forearm that was associated with ipsilateral supraclavicular adenomegaly, consequent to infection with Cryptococcus gattii. The patient was treated with fluconazole 400mg/day for eight months, which led to complete healing of the lesion. This case emphasizes that, although rare, C. gattii may cause opportunistic cutaneous-lymphatic infection in patients living in the southeastern region of Brazil who are immunocompromised through chronic corticotherapy.

Cutaneous cryptococcosis due to Cryptococcus gattii in a patient on chronic corticotherapy / Criptococose cutânea causada por Cryptococcus gattii em um paciente sob corticoterapia crônica

Cryptococcus gattii é agente causador de uma micose endêmica que afeta principalmente os pulmões e o sistema nervoso central de pacientes imunocompetentes em regiões tropicais e subtropicais do globo. Relato de caso. Um paciente de 66 anos, portador de doença pulmonar obstrutiva crônica, não infectado pelo vírus HIV, em corticoterapia sistêmica prolongada, desenvolveu extensa ulceração do antebraço esquerdo, associada a adenomegalia supraclavicular ipsilateral, em conseqüência à infecção por Cryptococcus gattii. O paciente foi tratado com fluconazol 400mg/dia durante 8 meses, obtendo resolução completa da lesão. Este caso enfatiza que, ainda que raramente, C. gattii pode causar infecção cutâneo-linfática oportunista, em paciente imunocomprometido pelo uso sistêmico de corticosteróides vivendo na região sudeste do Brasil.

Cryptococcus gattii causes a form of endemic mycosis that most commonly affects the lungs and central nervous system of immunocompetent patients living in tropical and subtropical areas of the world. Case report. A 66-year-old man who had chronic obstructive pulmonary disease without HIV infection and had been on systemic corticotherapy for several years developed extensive ulceration of the left forearm that was associated with ipsilateral supraclavicular adenomegaly, consequent to infection with Cryptococcus gattii. The patient was treated with fluconazole 400mg/day for eight months, which led to complete healing of the lesion. This case emphasizes that, although rare, C. gattii may cause opportunistic cutaneous-lymphatic infection in patients living in the southeastern region of Brazil who are immunocompromised through chronic corticotherapy.

Ocorrência de Cryptococcus spp e de parasitas de intersse em saúde pública, no excretas de pombos na cidade de Ribeirão Preto, São Paulo, Brasil / Ocurrence of Cryptococcus spp and parasites of interest in public health in pigeons excrement in the city of Ribeirão Preto, SP, Brazil

Os pombos tem sido considerados reservatórios de agentes infecciosos de importância em saúde pública.A decomposição de excretas em áreas públicas pode contaminar o meio ambiente e produtos alimenticios. O objetivo deste estudo..

Manutenção de leveduras por congelamento a –20ºC / Yeasts mantainance for freezing at –20ºC

As coleções de culturas são especialmente úteis para estudos retrospectivos e prospectivos, que enfocam a biologia, etiologia e aspectos epidemiológicos. Uma vez que estes estudos, geralmente, demandam um longo período de tempo, é importante que se faça escolha adequada do método de preservação. O total de 328 leveduras representadas pelos gêneros Candida, Cryptococcuss, Trichosporon, Rodothorulla foram semeadas em caldo cérebro-coração contendo glicerol e após 7 dias de refrigeração, congeladas – 20ºC. Foram recuperadas 99,0% das leveduras após 3 anos e 3 anos e 6 meses de congelamento. Após o período de 4 anos, a viabilidadefoi de 90,6% (144 leveduras). A metodologia ofereceu a vantagem de baixo custo, facilidade na realização e no armazenamento além de favorecer a conservação de quase totalidade das leveduras por 42 meses.

The culture collections are especially useful for retrospective and prospective studies, which focus the biology, etiologyand epidemic aspects. Once these studies, generally, demand a long period of time, it is important to do the adequate choice of preservation method. The total of 328 yeasts represented by the genus Candida, Cryptococcus, Trichosporon, Rodothorulla were seededin brain-heart infusion contenting glicerol and after 7 days of efrigeration, frozen at –20ºC. It was recovered 99,0% of yeasts after 3 years and 3 years and 6 months of freezing. After the period of 4 years the viability was 90,6% (144 yeasts). The methodology offered the low cost advantage, easiness in the accomplishment and in the storage, besides offering the conservation of almost the totality ofyeasts for 42 months.

[Enzymatic activity, slime production and antifungal agent sensitivity of Candida sp]. / Atividade enzimática, produção de slime e sensibilidade a antifúngicos de Candida sp.

Abilith of Candida spp to secrete extracellular enzymes and slime has been associated as pathogenicity factors. Out of a total of 37 strains of Candida sp, 100% were proteinase producers, 83.8% were phospholipase producers, 64.9% were slime producers and 100% were sensitive to fluconazole and itraconazole. Seventeen typings (enzymes/slime) were found. This methodology presented a good discrimination rate (D=0.93) and could be used for phenotypic characterization of yeasts.

Atividade enzimática, produção de slime e sensibilidade a antifúngicos de Candida sp / Enzymatic activity, slime production and antifungal agent sensitivity of Candida sp

A habilidade de Candida spp secretar enzimas extracelulares e slime tem sido associada como fatores de patogenicidade. Do total de 37 cepas de Candida sp, 100 por cento foram produtoras de proteinase, 83,8 por cento fosfolipase, 64,9 por cento slime e 100 por cento sensíveis ao fluconazol e itraconazol. Foram encontradas 17 tipagens (enzima/slime). Esta metodologia apresentou um bom índice discriminatório (D=0,93) podendo ser utilizado na caracterização fenotípica das leveduras.

Abilith of Candida spp to secrete extracellular enzymes and slime has been associated as pathogenicity factors. Out of a total of 37 strains of Candida sp, 100 percent were proteinase producers, 83.8 percent were phospholipase producers, 64.9 percent were slime producers and 100 percent were sensitive to fluconazole and itraconazole. Seventeen typings (enzymes/slime) were found. This methodology presented a good discrimination rate (D = 0.93) and could be used for phenotypic characterization of yeasts.

Isolamento, caracterização e resistência a antimicrobianos de bactérias Gram-negativas aeróbias e anaeróbias facultativas de amostras de solo / Isolation, characterization, and antimicrobial resistance of Gram-negative aerobic and facultative anaerobic bacteria from soil samples

Cerca de 7% da população bacteriana do solo está representado por bactérias Gram-negativas aeróbias/anaeróbias facultativas. Muitas espécies são patogênicas e estão envolvidas em casos de infecções hospitalares. O potencial de patogenicidade dessas bactérias pode ser avaliado através da investigação da sua resistência a antimicrobianos. Além deste propósito, o objetivo do trabalho foi também identificar bacilos gram-negativos (BGN) isolados do solo. Para isso, 18 amostras de solo foram semeadas em caldo de Hajna. A obtenção de colônias isoladas seguiu-se em Mc Conkey ágar e Mueller Hinton ágar com 5% de sangue de carneiro. Foram repicadas 283 colônias com diferentes características morfológicas, em meio de IAL. Na triagem, obteve-se BGN fermentadores e não fermentadores, cuja identificação se fez pela metodologia convencional. Identificou-se 94,35% de enterobactérias e 5,65% BGN não fermentadores. A resistência bacteriana foi mais expressiva aos antibióticos ampicilina, cefalotina, cefoxitina, amoxicilina com ácido clavulânico e tetraciclina, variando entre 49,82% a 87,28%. Todos os isolados bacterianos foram resistentes a pelo menos um antibiótico, o que demonstra considerável potencial patogênico por constituírem um reservatório de resistência. A associação entre solo e resistência antimicrobiana precisa ser mais estudada. Observações e experimentos adicionais possibilitarão conhecer melhor essa relação e os processos que possam contribuir para a emergência de bactérias resistentes.

Enteroparasitoses e onicomicoses em manipuladores de alimentos do município de Ribeirão Preto, SP, Brasil / Enteroparasitosis and onychomycosis in food handlers in the city of Ribeirão Preto, SP, Brazil

A maioria das doencas veiculadas por alimentos de origem microbiana deve-se à manipulacão inadequada dos mesmos. A identificacão de manipuladores de alimentos portadores de agentes patogênicos que podem ser propagados para os alimentos é uma ferramenta útil na prevencão da contaminacão dos mesmos. OBJETIVOS: Identificar a presenca de enteroparasitoses e onicomicoses em manipuladores de alimentos de Ribeirão Preto, contribuindo assim com as acões de vigilância sanitária. MÉTODOS: Foram analisadas entre julho e novembro de 2000, 69 amostras de fezes e 23 de unhas de 23 manipuladores de alimentos de Ribeirão Preto. As fezes foram submetidas aos métodos de KATO e da sedimentacão espontânea. Na análise micológica, cada amostra de raspado de unha foi submetida à clarificacão com KOH 30 por cento por 30 minutos para estudo microscópico (exame direto) e cultura em ágar Sabouraud acrescido de 100 mg/L de cloranfenicol e posterior incubacão a 28(0) - 30(0)C por até 30 dias, verificando-se o crescimento semanalmente. RESULTADOS: Dos trabalhadores avaliados, 04 (17,4 por cento) apresentaram parasitismo intestinal, 08 (34,8 por cento) micoses e em 01 (4,3 por cento) foi constatada infeccão concomitante por enteroparasitas e micose. CONCLUSÕES: Para evitar as doencas transmitidas por alimentos é necessária a implementacão conjunta de várias acões, incluindo a identificacão dos portadores de agentes patogênicos que possam ser propagados para os alimentos através da manipulacão.

Avaliação do sistema API20C AUX na identificação de leveduras de interesse clínico / Evaluation of the API20C AUX system for the identification of clinically important yeasts

Cinqüenta leveduras, pertencentes aos gêneros Candida, Pichia, Saccharomyces, Cryptococcus, Rhodotorula e Trichosporon, foram identificadas pelas metodologias clássica e sistema API20C AUX. O sistema comercial identificou corretamente 92 por cento das espécies sendo necessários testes adicionais em 16 por cento dos casos. Os resultados foram interpretados como bom, muito bom e de excelente identificação.

[Evaluation of the API20C AUX system for the identification of clinically important yeasts]. / Avaliação do sistema API20C AUX na identificação de leveduras de interesse clínico.

Fifty yeasts belonging to the genera Candida, Pichia, Saccharomyces, Cryptococcus, Rhodotorula and Trichosporon were identified by classical methods and by the API 20C AUX system. The commercial system correctly identified 92% of the species, with the need for additional tests in 16% of cases. The results were interpreted with good, very good and excellent identification.

Performance of selective and differential media in the primary isolation of yeasts from different biological samples.

In view of the increase in yeast infections, especially polymicrobial ones, differential culture media have acquired increasing importance. The present study evaluated the Sabouraud chloramphenicol, Biggy agar, Pagano Levin agar and CHROMagar Candida media in terms of isolation, number of yeast colony forming units per plate, and inhibition of bacteria and filamentous fungi. To this end, we used 223 biological samples, including feces, and oral, vaginal and anal mucosae from 86 patients presenting or not symptoms of fungal infections. The four media did not differ significantly in terms of detection of yeast-positive cultures. The number of colony forming units per plate ranged from zero to 2.380, with a predominance of counts of 1 to 9 colonies per plate. No significant differences were observed among the four culture media in terms of number of colonies counted, for each kind of biological material. Fifteen species belonging to the genera Candida, Saccharomyces, Cryptococcus, Trichosporon and Rhodotorula were isolated, with C. albicans being the predominant species, followed by C. parapsilosis and R. rubra. CHROMagar Candida and Biggy agar were complementary in the isolation of the different species and favored a greater recovery of polymicrobial cultures. Pagano Levin agar isolated the smallest variety of species. Sabouraud chloramphenicol agar was the least effective in terms of bacterial inhibition and favored a greater development of filamentous fungi. The results suggest that more than one culture medium should be used for an adequate primary isolation.

Presença de leveduras em mucosas e fezes de indivíduos aparentemente saudáveis e de pessoas com sintomas de infecçäo fúngica / Presence of yeasts in the mucosae and feces of apparenty healthy indiviuals and subjects with sympotoms of ungal infection

As leveduras estäo amplamente distribuídas no ambiente sendo também habitantes normais do corpo humano. Säo consideradas patógenas oportunistas causando infecçöes que variam desde superficiais até profundas e fatais. O conhecimento da microbiota normal pode ajudar o médico a ter perspectiva sobre uma possível fonte e a importância de microrganismos isolados de infecçöes. O estudo teve como objetivo verificar a presença de leveduras em amostras de mucosas bucal, vaginal, anal e de fezes de indivíduos aparentemente saudáveis ou que apresentavam algum sintoma de infecçäo fúngica. Foram utilizados para isolamento os meios de ágar Sabouraud cloranfenicol, Biggy agar, CHROM agar Candida e Pagano Levin agar. Isolou-se leveduras em 40.7 por cento (35/86) das amostras bucais, 26.2 por cento (11/42) das amostras vaginais de pacientes assintomáticos, 44.8 por cento (13/29) das amostras vaginais provenientes de mulheres com desconforto vaginal, 34.6 por cento (9/26) das amostras anais, 77.5 por cento (31/40) das amostras de fezes. C. albicans foi a espécie prevalente em todos os tipos de amostras. As fezes apresentaram diversidade de espécies representadas pelos gêneros Candida, Saccharomyces, Rhodotorula, Trichosporon, Cryptococcus, e Hansenula atualmente, Pichia

The yeasts are widely distributed in our environment, being also normal inhabitants of ourbodies. Yeasts are considered to be opportunistic pathogens causing infectious processes ranging fromsuperficial to deep and fatal ones. The knowledge of the normal microbiota can help physicians to obtaina perspective about the possible source and importance of microorganisms isolated from infections. Theobjective of the present study was to determine the presence of yeasts in samples of the oral, vaginal, andanal mucosae and in fecal samples from apparently healthy individuals or individuals who presentedsymptoms of fungal infection. The media used for isolation were Sabouraud chloramphenicol agar, Biggyagar,CHROM agar Candida and Pagano Levin agar. Yeasts were isolated from 40.7% (35/86) of the oralsamples, 26.2% (11/42) of the vaginal samples from asymptomatic individuals, 44.8% (13/29) of the vaginalsamples from women with vaginal discomfort, from 34.6% (9/26) of the anal samples, and 77.5% (31/40) ofthe fecal samples. C. albicans was the predominant species in all sample types. Feces presented speciesdiversity represented by the genera Candida, Saccharomyces, Rhodotorula, Trichosporon, Cryptococcus,and Hansenula nowadays Pichia